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应对措施
1）检查是否属于因研究开发活动需要而购入的专利、非专利发明、许可证、专有技术、设计和计算方法等所发生的费用摊销。可以通过对项目立项、专家评定等技术资料的分析，判断其相关性；当影响重大时，需要考虑借助其他行业专家的工作。
2）取得无形资产初始购置时的协议或合同、发票、付款凭证等，检查无形资产原值的确认是否正确；检查摊销政策是否正确，且前后各期保持一致，计算检查摊销的金额是否正确。
3）检查是否存在列入与研究开发项目无关的其他无形资产摊销的情形；若存在无形资产费用在研究开发项目与其他项目之间分摊的情形，需检查分摊方法是否合理、前后各期是否保持一致，并计算检查分摊的金额是否正确。
委外研究开发费用
难点
委托外部研究开发费用，是指企业委托境内其他企业、大学、研究机构、转制院所、技术专业服务机构和境外机构进行研究开发活动所发生的费用，项目成果为企业拥有，且与企业的主要经营业务紧密相关。中小型申报企业由于设立的研究开发机构力量薄弱，一般会与研究院、高校等科研机构合作开展研究开发活动，与其签订相应的委托开发合同或合作协议。
应对措施
1）重点检查管理费用明细账、与委托外部研究开发费用相关的明细账，委托外部研究开发费用的合同或协议、发票、付款凭证；针对研究开发项目工作内容、协议条款、协议金额等向受托方进行函证，确认其发生的真实性及金额的准确性；关注并确认是否为关联交易，如果为关联交易，发生金额应按照独立交易原则确定。
2）复算检查委托外部研究开发费用，是否按照委托外部研究开发费用发生额的80％计入研究开发费用总额。
其他费用
难点
其他费用与研究开发项目相关性、真实性、完整性的认定，存在较大错报风险。
应对措施
1）重点检查管理费用明细账、费用分摊表，确认费用支出与研究开发项目的相关性及费用分摊的合理性。
2）关注如办公费、通讯费、专利申请维护费、高新科技研究开发保险费等其他费用，是否属于为研究开发活动所发生的，是否存在列入与研究开发项目无关的其他费用的情形。
3）检查相关费用的核准和支付是否符合企业内部管理的规定，是否与原始凭证相符。
4）复算检查列报的其他费用是否超过研究开发费用总额的10%。
复核研发费占销售收入总额的比例
难点
《高新技术企业认定管理办法》规定，高新技术企业认定必须满足zui 近三个会计年度研究开发费用总额占销售收入总额的一定比例。因此，申报企业为了达到标准可能虚列研究开发费用，扩大研究开发费用总额。
应对措施
1）获取经具有高新技术企业认定资质的会计师事务所审计的，zui 近三个会计年度的审计报告和财务报表。
2）复算加计zui 近三个会计年度的销售收入总额。《高新技术企业认定申请书》填报说明表明，销售收入是指产品收入和技术服务收入之和；复算加计zui 近三个会计年度的研究开发费用总额。
3）复算研究开发费用总额占销售收入总额的比例，与申报企业计算的结果核对是否一致；复算在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例，与申报企业计算的结果核对是否一致。
